В соответствии с п. 7 ст. 226 НК РФ совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признаётся источником дохода, уплачивается по месту учёта налогового агента в налоговом органе.
Если предприниматель состоит на учёте в разных налоговых органах, в том числе по месту осуществления деятельности с применением системы налогообложения в виде ЕНВД и по месту жительства, НДФЛ с доходов, выплачиваемых работникам, занятым в деятельности, в отношении которой применяется указанный единый налог, перечисляется в бюджет по месту учёта предпринимателя в связи с осуществлением такой деятельности.
Об этом сообщил Минфин России в Письме от 10.03.2010 № 03-04-08/3-50.