В соответствии с п. 1 ст. 231 НК РФ излишне удержанные налоговым агентом из дохода налогоплательщика суммы налога подлежат возврату по заявлению налогоплательщика.
Порядок зачета (возврата) установлен ст. 78 НК РФ. В п. 7 данной статьи говорится, что заявление о возврате излишне уплаченного налога может быть подано в течение трёх лет со дня уплаты налога.
То, что взаимоотношения между налогоплательщиком и налоговым агентом прекратились в налоговом периоде, предшествующем периоду, в котором было подано заявление о возврате, на порядок применения ст. 78 НК РФ не влияет.
Такие разъяснения содержатся в письме Минфина России от 25.08.2009 № 03-04-06-01/222.