НДС принимается к вычету только по товарам (работам, услугам), приобретенным для осуществления операций, облагаемых НДС.
Услуги по ведению реестра ценных бумаг приобретаются в связи с осуществлением операций по реализации ценных бумаг, которые НДС не облагаются.
Поэтому суммы НДС, предъявленные по таким услугам, к вычету приниматься не должны.
Что касается услуг, приобретенных с целью проведения собрания акционеров, то данные услуги с осуществлением каких-либо операций, облагаемых НДС, не связаны. Поэтому суммы НДС по таким услугам к вычету также не принимаются.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 29.01.2009 № 03-07-07/03.