Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом на вмененный доход, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению ЕНВД, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения.
Таким образом, операция по реализации основного средства (в том числе разовая торговая операция) не подлежит налогообложению в рамках ЕНВД. В данном случае организация обязана исчислить и уплатить в бюджет налоги в соответствии с общим режимом налогообложения либо с применением упрощенной системы налогообложения.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина РФ от 12.02.2008 № 03-11-04/3/59.