В случае если организация реализует товары (работы, услуги) через свое структурное подразделение, то при выставлении счетов-фактур поставщиком в строке 2б «ИНН/КПП продавца» указывается КПП соответствующего структурного подразделения организации.
Соответственно, при приобретении товаров (работ, услуг) через структурное подразделение в строке 6б «ИНН/КПП покупателя» счета-фактуры - КПП соответствующего структурного подразделения.
Такие разъяснения содержатся в Письме УФНС РФ по г. Москве от 23.01.2008 № 19-11/005123.