С 01.01.2006 вступили в силу положения ст. 256 и 259 НК РФ, предоставляющие арендаторам право учитывать расходы в виде амортизации на сумму капитальных вложений, произведенных в форме неотделимых улучшений, только на период действия договора аренды. Таким образом, после окончания договора аренды помещения недоамортизированную часть капитальных вложений в форме неотделимых улучшений (невозмещенную арендодателем) арендатор относит на расходы, не учитываемые в целях налогообложения прибыли организаций.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина РФ от 05.02.2008 № 03-03-06/2/12.