Как указала ФНС России, налоговую базу по НДС при передаче имущественных прав на нежилые помещения надо определять по правилам п. 3 ст. 155 НК РФ.
В пункте 3 ст. 155 НК РФ говорится о передаче прав на жилые помещения — НДС в этом случае уплачивается с разницы между стоимостью, по которой передаются эти имущественные права (с учетом налога), и расходами на приобретение этих прав.
Президиум ВАС РФ распространил действие этой нормы и на передачу прав на нежилые помещения. Суд отметил, что имущественные права на недвижимое имущество и на имущество, перечисленное в п. 3 ст. 155 НК РФ, отнесены к одному виду объектов гражданских прав и их правовой режим применительно к вопросам исчисления НДС, в случае если законодательство о налогах и сборах не установило исключений, должен определяться одинаково (постановление Президиума ВАС РФ от 25.02.2010 № 13640/09). Этой позицией и руководствовалась налоговая служба в своем разъяснении.