В случае если срок возврата переплаты по налогу нарушен, то за каждый день просрочки на ее сумму начисляются проценты, подлежащие уплате налогоплательщику. Такой порядок предусмотрен п. 10 ст. 78 НК РФ и применяется также в отношении возврата излишне уплаченной государственной пошлины. При этом учитываются особенности, установленные гл. 25.3 НК РФ (п. 14 ст. 78 НК РФ).
Минфин России в письме от 22.03.2013 № 03-05-06-03/9086 отметил, что положения гл. 25.3 НК РФ не содержат норм, предусматривающих запрет начисления процентов на сумму переплаты государственной пошлины, если ее возврат осуществляется государственным органом с нарушением срока.
Арбитражные суды также признают правомерным начисление процентов в порядке, определенном ст. 78 НК РФ (постановления ФАС Московского округа от 20.12.2010 по делу № А40-33184/10-114-175, ФАС Западно-Сибирского округа от 20.07.2010 по делу № А81-5829/2009).