Субсидии, получаемые из федерального и местного бюджетов на возмещение затрат по приобретению товаров (работ, услуг), в налоговую базу по НДС не включаются. Объясняется это тем, что они не связаны с оплатой реализуемых товаров (работ, услуг).
Если за счет такой субсидии оплачиваются товары (работы, услуги), НДС по ним вычету не подлежит, поскольку это приведет к повторному возмещению налога из бюджета.
Если субсидии получены в качестве оплаты реализуемых организацией товаров (работ, услуг), то такие субсидии, в соответствии с подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ, включаются в налоговую базу по НДС.