Согласно п. 3 ст. 161 гл. 21 «Налог на добавленную стоимость» НК РФ при реализации на территории Российской Федерации услуг по предоставлению в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества органами государственной власти и управления и органами местного самоуправления арендаторы такого имущества обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму НДС. Таким образом, данный порядок уплаты НДС применяется только в случае предоставления в аренду имущества органами государственной власти и управления и органами местного самоуправления.
При оказании бюджетными учреждениями услуг по предоставлению в аренду федерального имущества, переданного им в оперативное управление, исчисление и уплату в бюджет НДС должны осуществлять указанные учреждения – арендодатели имущества.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 23.08.2010 № 03-07-11/360.