В связи с получением от покупателя акта о расхождениях следует составить корректировочный счет-фактуру, на основании которого ранее начисленный НДС со стоимости товара, фактически не поставленного, продавец может предъявить к вычету (п. 13 ст. 171, п. 10 ст. 172 НК РФ). Смотрите также письма Минфина России от 23.03.2012 № 03-07-09/24, от 12.03.2012 № 03-07-09/22, от 27.03.2012 № 03-07-09/29).
Товарную накладную, составленную при отгрузке товара, при наличии акта о расхождениях исправлять не нужно (п. 1 письма ФНС России от 24.01.2014 № ЕД-4-15/1121@).
Покупатель принимает товар на учет в количестве, которое получено по факту. Поскольку расхождение по количеству товаров в сторону уменьшения установлено покупателем до принятия товаров на учет, он применяет вычет НДС по полученным товарам на основании счета-фактуры, выставленного продавцом товаров при отгрузке, но только в части товаров, фактически принятых на учет. Поэтому данные по корректировочному счету-фактуре, выставленному продавцом при изменении стоимости отгруженных товаров в связи с уточнением их количества в сторону уменьшения, а также данные первичных документов на уменьшение стоимости отгруженных товаров в книге продаж у покупателя не отражаются (письма Минфина России от 12.05.2012 № 03-07-09/48, от 10.02.2012 № 03-07-09/05).
Если при отгрузке товаров счет-фактура не составлялся, при этом акт о расхождениях составлен в течение пяти календарных дней, считая со дня отгрузки, то продавец может составить счет-фактуру на фактически принятое покупателем количество товаров (письмо Минфина России от 10.04.2019 № 03-07-09/25256).
В бухгалтерском учете продавцу следует сделать сторнировочные записи (скорректировать ранее начисленную выручку от реализации, начисленный с реализации НДС, а также (при необходимости) себестоимость).
В целях налогообложения прибыли доходы и расходы следует признать исходя из фактически принятых покупателем товаров.