Да, у оставшегося участника возникает доход, облагаемый налогом. Однако обязанность по исчислению возлагается на ООО как на источника выплаты (налогового агента). Учитывая, что удерживать налог в данном случае не из чего, организация может удержать налог из других источников в случае их выплаты иностранной организации.
В соответствии с п. 2 ст. 248 НК РФ имущество (работы, услуги) или имущественные права считаются полученными безвозмездно, если получение этого имущества (работ, услуг) или имущественных прав не связано с возникновением у получателя обязанности передать имущество (имущественные права) передающему лицу (выполнить для передающего лица работы, оказать передающему лицу услуги).
В связи с этим вышеуказанное распределение долей вышедшего участника российской организации в пользу единственного оставшегося участника — резидента Республики Кипр можно рассматривать как безвозмездное получение имущественного права.
Учитывая, что стороной, получающей доход, является резидент иностранного государства, то при рассмотрении вопроса следует принимать во внимание нормы международного соглашения об избежании двойного налогообложения. Это связано с тем, что ст. 7 НК РФ устанавливает приоритет норм международного договора РФ, содержащих вопросы, касающиеся налогообложения и сборов, над правилами и нормами, содержащимися в российском налоговом законодательстве.
В соответствии с положениями Соглашения между Правительством РФ и Правительством Республики Кипр об избежании двойного налогообложения налогообложение дохода, полученного кипрским резидентом — участником российской организации в размере стоимости распределенной доли вышедшего участника, должно осуществляться в рамках ст. 22 «Другие доходы». Согласно данной статье виды доходов резидента Договаривающегося Государства, независимо от источника их возникновения, о которых не говорится в предыдущих статьях настоящего Соглашения, подлежат налогообложению только в этом Государстве.
Таким образом, с учетом норм ст. 18 вышеуказанного Соглашения и ст. 309 НК РФ рассматриваемый доход подлежит налогообложению в Российской Федерации.
Согласно ст. 24 НК РФ обязанность правильно и своевременно исчислять, удерживать из средств, выплачиваемых налогоплательщикам, и перечислять в бюджетную систему Российской Федерации соответствующие налоги возлагается на налогового агента. В свою очередь, налоговые агенты не вправе за счет собственных средств уплачивать суммы налога с доходов иностранной организации от источников в Российской Федерации вместо налогоплательщика, что нашло отражение в практике Высшего арбитражного суда Российской Федерации, в частности в постановлении Президиума ВАС РФ от 20.09.2011 № 5317/11.
С учетом вышеизложенного, поскольку в рассматриваемом случае выплаты денежных средств кипрской организации не происходит, общество может удержать налог из других источников в случае их выплаты иностранной организации (например, в будущем при выплате дивидендов). Вышеизложенные выводы нашли подтверждение и в официальных разъяснениях ведомств (письмо Минфина России от 21.10.2013 № 03‑08‑13/43933).