В соответствии с п. 7 ст. 346.26 НК РФ налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом на вмененный доход, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом на вмененный доход, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения. При этом учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении видов предпринимательской деятельности, подлежащих налогообложению единым налогом на вмененный доход, осуществляется налогоплательщиками в общеустановленном порядке.
Таким образом, доход налогоплательщика, применяющего одновременно систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в отношении розничной торговли и упрощенную систему налогообложения в отношении оптовой торговли, полученный в виде премии (скидки, бонусов), предоставленной организацией-поставщиком за выполнение определенных условий договора поставки товаров, может быть признан частью дохода, полученного в связи с осуществлением деятельности в сфере розничной торговли, облагаемой единым налогом на вмененный доход, на основании соответствующего раздельного учета имущества, обязательств и хозяйственных операций.
(Письмо Минфина России от 04.07.2016 № 03-11-11/38954)