Агентский договор между агентом и нашей организацией (принципалом) расторгнут, причем агент выплатил неустойку. Будет ли эта сумма входить у нас в налоговую базу по НДС?
Нет, не будет.
Объектом обложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, а также передача имущественных прав (пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ).
В налоговую базу включаются полученные налогоплательщиком денежные средства, связанные с оплатой реализованных этим налогоплательщиком товаров, работ, услуг (пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ).
В вашем случае полученные принципалом денежные средства с оплатой реализованных товаров (работ, услуг) не связаны, поэтому НДС они не облагаются.