В соответствии с подп. 1п. 1 ст. 146 Налогового кодекса РФ объектом обложения налогом на добавленную стоимость признается реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации. Плательщиками данного налога являются организации, осуществляющие операции по реализации товаров, выполнению работ, оказанию услуг (ст. 143, п. 1ст. 153 НК РФ).
Но при предоставлении на территории России в аренду федерального имущества, имущества субъектов Федерации и муниципального имущества органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления применяется особый порядок уплаты НДС, предусмотренный п. 3 ст. 161 НК РФ.
При осуществлении перечисленных операций налоговыми агентами признаются арендаторы государственного или муниципального имущества.
Но и из этого правила также есть исключение. Предусмотренный п. 3ст. 161 НК РФ порядок уплаты НДС не применяется в отношении услуг по предоставлению в аренду федерального недвижимого имущества, которое не составляет государственную казну, то есть имущества, закрепленного за федеральными государственными унитарными предприятиями или учреждениями на праве хозяйственного ведения либо оперативного управления (абз. 2 п. 4 ст. 214 Гражданского кодекса РФ). Данная позиция закреплена Определением Конституционного Суда РФ от02.10.2003 № 384-О.
Из текста вопроса следует, что здание было передано муниципальным образованием вашей организации на праве хозяйственного ведения. Следовательно, здание является муниципальным, а не федеральным недвижимым имуществом и налоговый агент по НДС определяется в порядке п. 3 ст. 161 НК РФ. Иными словами, налоговыми агентами в вашем случае будут арендаторы.