В соответствии с подп. 4 п. 1 ст. 251 НК РФ при определении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества, имущественных прав, которые получены в пределах вклада (взноса) участником хозяйственного общества или товарищества (его правопреемником или наследником) при выходе (выбытии) из хозяйственного общества или товарищества либо при распределении имущества ликвидируемого хозяйственного общества или товарищества между его участниками.
В соответствии с п. 3 ст. 270 НК РФ при определении налоговой базы не учитываются расходы в виде взноса в уставный (складочный) капитал, вклада в простое товарищество.
Таким образом, при определении дохода для целей налогообложения прибыли организаций при ликвидации организации следует учитывать только доход в виде имущества, превышающий вклад (взнос) учредителя ликвидируемой организации. Данное превышение может быть уменьшено только на расходы, связанные с реализацией этого взноса на основании подп. 3 п. 1 ст. 268 НК РФ.
Убыток в виде превышения стоимости вклада (взноса) в уставный капитал над доходом в виде имущества, полученным в связи с ликвидацией организации, не может учитываться для целей налогообложения прибыли организаций.