Часто бывает, что организация уплачивает НДС и в качестве налогоплательщика и как налоговый агент. Случается, что свой статус организация путает, указывая в расчетных документах на перечисление НДС неверные реквизиты.
Обнаружив ошибку, налоговые органы заявляют, что из-за нее они поступившую сумму относят к разряду невыясненных платежей и не разносят в карточку «Расчеты с бюджетом» (Письмо ФНС РФ от 14.07.2005 № 10-3-03/184@). После этого возникает вопрос о начислении пеней запутавшемуся в реквизитах налогоплательщику.
Минфин РФ в Письме от 11.05.2006 № 03-02-07/2-35 указал, что ст. 78 НК РФ не установлен порядок осуществления зачета сумм излишне уплаченного налога организацией в качестве налогоплательщика в счет погашения недоимки, возникшей в результате ненадлежащего исполнения этой организацией — налоговым агентом своих обязанностей по перечислению сумм налогов в бюджет.
Согласно правовой позиции Конституционного Суда РФ пеня является дополнительным платежом, направленным на компенсацию потерь государственной казны в результате недополучения налоговых сумм в срок (Постановление от 17.12.96 № 20-П, Определение от 04.07.2002 № 202-О).
В случае неправильно указанных реквизитов сумма НДС все равно попадает в федеральный бюджет, поэтому казна потерь не несет.
Минфин посчитал возможным проведение перерасчета сумм излишне уплаченного НДС организацией в качестве налогоплательщика в счет погашения недоимки этой организации — налогового агента, возникшей в результате допущенной ею ошибки в расчетном документе на перечисление соответствующей суммы налога в федеральный бюджет.
Разумеется, что при этом необходимо учитывать своевременность и полноту перечисления и зачисления сумм НДС в федеральный бюджет.
Дмитрий Метляев. Беседа о результатах интеллектуальной деятельности, созданных за счет бюджетных средств: возможности и ограничения при владении и использовании 
