При уплате НДС по товарам, ввозимым на таможенную территорию РФ, документом, подтверждающим фактическую уплату налога в целях принятия его к вычету, является соответствующее подтверждение, выданное таможенным органом в установленном порядке.
Согласно п. 5 ст. 331 Таможенного кодекса РФ подтверждение уплаты таможенных пошлин и налогов выдаётся таможенными органами в письменной форме по требованию налогоплательщика. Форма такого подтверждения установлена Методическими указаниями о порядке применения таможенными органами положений Таможенного кодекса РФ, относящихся к таможенным платежам, утверждёнными Распоряжением ГТК России от 27.11.2003 № 647-р.
Об этом сообщил Минфин России в Письме от 02.10.2009 № 03-07-08/198.