В соответствии с п. 2 ст. 268 НК РФ, если цена приобретения покупных товаров с учётом расходов, связанных с их реализацией, превышает выручку от их реализации, разница между этими величинами признаётся убытком налогоплательщика, учитываемым в целях налогообложения прибыли.
При этом выручка от реализации таких товаров учитывается в составе доходов от реализации с учётом положений ст. 249 НК РФ, а расходы, включающие цену приобретения покупных товаров, и расходы, связанные с их реализацией, относятся к расходам, связанным с производством и реализацией, с учётом особенностей, изложенных в статьи 268 и 320 НК РФ.
Следует учитывать положения ст. 40 НК РФ, согласно которой при отклонении цены по сделке более чем на 20 процентов в сторону повышения или в сторону понижения от уровня цен, применяемых налогоплательщиком по идентичным товарам в пределах непродолжительного периода времени, налоговый орган вправе вынести мотивированное решение о доначислении налога и пени, рассчитанных таким образом, как если бы результаты этой сделки были оценены, исходя из применения рыночных цен на соответствующие товары, работы или услуги.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина от 18.09.2009 № 03-03-06/1/590.