Если в договоре предусмотрено условие о 100%-ной предоплате, суммы НДС, предъявленные продавцом товаров в счетах-фактурах, выставленных при получении нескольких авансовых платежей, подлежат вычету. При этом следует отметить, что п. 3 ст. 170 НК РФ установлена обязанность налогоплательщика восстановить указанные суммы налога в том налоговом периоде, в котором подлежат вычету суммы НДС по приобретённым товарам.
Вычет НДС по авансовым платежам на основании счетов-фактур, составленных в порядке, установленном для счетов-фактур, оформляемых при отгрузке товаров, согласно п. 5.1 ст. 169 НК РФ в счетах-фактурах по авансовым платежам заполняется только часть реквизитов, обязательных при составлении счетов-фактур при отгрузке товаров согласно п. 5 ст. 169 НК РФ.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 24.07.2009 № 03-07-09/33.