На основании подп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ при определении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества, полученного налогоплательщиком в рамках целевого финансирования. К средствам целевого финансирования относится имущество, полученное налогоплательщиком и использованное им по назначению, определённому организацией (физическим лицом) - источником целевого финансирования или федеральными законами, в виде бюджетных ассигнований, выделяемых бюджетным учреждениям, а также в виде субсидий автономным учреждениям.
При получении средств из федерального бюджета на основании гражданско-правовых договоров контрагентами получателей бюджетных средств указанные средства подлежат налогообложению.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина от 31.07.2009 № 03-11-06/2/142.