Согласно изменениям, внесенным в НК РФ Федеральным законом от 22.07.2008 № 155-ФЗ, на уплату ЕНВД с 01.01.2009 не переводятся организации и индивидуальные предприниматели, среднесписочная численность работников которых за предшествующий календарный год превышает 100 человек.
Поэтому организация, применяющая в 2008 г. систему налогообложения в виде ЕНВД, среднесписочная численность работников которой за 2008 г. превысит 100 человек, обязана с 01.01.2009 перейти на применение общего режима налогообложения либо на УСН.
Учитывая, что Федеральный закон от 22.07.2008 № 155-ФЗ вступает в силу с 01.01.2009 и распространяется на правоотношения, возникающие с указанной даты, нарушения прав налогоплательщиков в рассматриваемом случае не возникает.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина от 25.09.2008 № 03-11-04/3/445.
Между тем обращаем внимание, что организация со среднесписочной численностью, превышающей 100 человек, не может перейти на УСН (см. подп. 15 п. 3 ст. 346.12 НК РФ). Поэтому такая организация может перейти только на общий режим налогообложения.