Налоговым кодексом перечень документов, подтверждающих право на применение освобождения от НДС выполняемых за счет бюджета научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ (НИОКР), не установлен.
По мнению Минфина, основанием для освобождения от НДС научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, выполняемых за счет средств федерального бюджета, могут являться: договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, письменное уведомление заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета, в адрес исполнителей и соисполнителей о выделенных ему целевых бюджетных средствах для оплаты научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ и т.п.
Налоговый орган имеет право истребовать такие документы в ходе проведения камеральной проверки налогоплательщика.
Об этом Минфин сообщил в Письме от 10.10.2008 № 03-07-07/103.