Если организация приобрела основное средство в период применения УСН (доходы минус расходы), а затем продала её в период применения УСН (доходы), ей нужно сделать перерасчёт единого налога за период применения УСН (доходы минус расходы), исключив из состава расходов затраты на приобретение этого основного средства.
В расходах будет учитываться только амортизация, начисленная за период использования данного основного средства.
Об этом Минфин сообщил в Письме от 27.02.2009 № 03-11-06/2/30.