Минфина России в письме от 23.06.2014 № 03-07-РЗ/29787 разъяснил, что организации водопроводно-канализационного хозяйства при реализации услуг, размер платы за которые установлен без учета НДС, обязана предъявить к оплате абоненту, осуществляющему компенсацию расходов, связанных с негативным воздействием сточных вод на работу централизованной системы водоотведения, соответствующую сумму НДС. Данный порядок применяется в отношении услуг, оказываемых организацией водопроводно-канализационного хозяйства, независимо от наличия у нее права собственности на системы водоотведения.
Согласно п. 118 Правил холодного водоснабжения и водоотведения, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 29.07.2013 № 644, абонент обязан компенсировать организации, осуществляющей водоотведение, расходы, связанные с негативным воздействием сточных вод на работу централизованной системы водоотведения (плата за негативное воздействие сточных вод на работу централизованной системы водоотведения), в установленном порядке и размере. Размер платы за негативное воздействие на работу централизованной системы водоотведения, подлежащей уплате абонентом, установлен без учета НДС (п. 120, 123 Правил).
Компенсация указанных расходов является по существу оплатой услуг указанной организации по нейтрализации воздействия загрязняющих веществ на водопроводно-канализационную сеть. Таким образом, при реализации таких услуг налоговая база по НДС определяется как размер платы (без учета НДС), исчисленной в порядке, установленном п. 120 и 123 Правил.