По общему правилу счета-фактуры подписываются руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации (п. 6 ст. 169 НК РФ).
Минфин России в письме от 03.07.2013 № 03-07-15/25437 разъяснил, что если в силу технологических особенностей управления бизнес-процессами контрагента экземпляры счетов-фактур подписываются разными лицами, уполномоченными приказом (распоряжением) по организации или доверенностью от ее имени, то оснований для отказа в применении вычетов соответствующих сумм НДС у налоговиков не имеется.