Согласно подп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ нулевая ставка НДС применяется в отношении транспортно-экспедиционных услуг, перечень которых установлен данным подпунктом, оказываемых на основании договора транспортной экспедиции при организации международных перевозок товаров, в том числе морскими судами, между пунктами отправления и назначения товаров, один из которых расположен на территории РФ, а другой – за пределами территории РФ.
Таким образом, нулевая ставка НДС применяется в отношении транспортно-экспедиционных услуг, оказываемых в рамках договора транспортной экспедиции, в соответствии с которым обязанности экспедитора по организации международной перевозки ввозимых на территорию РФ товаров наступают в момент нахождения товаров за пределами территории РФ, а завершаются после прибытия товаров на территорию РФ.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 26.04.2011 № 03-07-08/130.