Нулевая ставка НДС применяется в отношении транспортно-экспедиционных услуг, включая услуги по таможенному оформлению товаров, оказываемых на основании договора транспортной экспедиции при организации международной перевозки товаров между пунктами отправления и назначения, один из которых расположен на территории РФ, а другой за её пределами. При этом применение нулевой ставки не зависит от таможенной процедуры, под которую помещается перевозимый товар, а также от того, сколькими видами транспорта осуществляется международная перевозка.
В случае оказания услуг по таможенному оформлению товаров на основании договора, не предусматривающего организацию международной перевозки товаров, такие услуги подлежат налогообложению НДС по ставке в размере 18% (Письмо Минфина РФ от 18.04.2011 № 03-07-08/114).