В соответствии с п. 1 ст. 210 НК РФ при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной форме или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды.
Таким образом, доход налогоплательщика, полученный от продажи квартиры, подлежит обложению налогом на доходы физических лиц на общих основаниях.
Вместе с этим согласно подп. 1 п. 1 ст. 220 и подп. 1 и 2 п. 2 ст. 220 НК РФ при реализации имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, налогоплательщик вправе получить имущественный налоговый вычет в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, но не превышающий в целом 1 млн руб., либо уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
В то же время согласно подп. 3 п. 1 ст. 220 НК РФ при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в сумме, израсходованной им, в частности, на приобретение на территории Российской Федерации квартиры, комнаты или доли (долей) в них, но не более 2 млн руб.
Согласно подп. 6 п. 3 ст. 220 НК РФ документом, необходимым для подтверждения права на имущественный налоговый вычет при приобретении квартиры по договору купли-продажи, является документ, подтверждающий право собственности на квартиру, которым является свидетельство о государственной регистрации права собственности.
Если продажа одной квартиры и оформление свидетельства о государственной регистрации права собственности на другую квартиру (квартиры) произведены в одном налоговом периоде (календарный год), то налогоплательщик имеет право на получение одновременно имущественных налоговых вычетов, предусмотренных подп. 1 и 3 п. 1 ст. 220 НК РФ, путем уменьшения суммы налогооблагаемого дохода, полученного от продажи квартиры, на сумму имущественного налогового вычета, предусмотренного при приобретении квартиры (квартир).
Сумма дохода, превышающая размер примененных имущественных налоговых вычетов, облагается налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13%.