Согласно п. 3 ст. 80 НК РФ налоговая декларация (расчет) представляется в налоговый орган по месту учета налогоплательщика (плательщика сбора, налогового агента).
В соответствии с п. 4 ст. 84 НК РФ в случае изменения места нахождения организации снятие ее с учета осуществляется налоговым органом, в котором организация состояла на учете. При этом налоговый орган осуществляет снятие с учета на основании сведений, содержащихся в Едином государственном реестре юридических лиц.
Постановка на учет организации в налоговом органе по новому месту нахождения осуществляется на основании документов, полученных от налогового органа соответственно по прежнему месту нахождения организации.
Таким образом, с даты внесения изменений в Единый государственный реестр юридических лиц о смене юридического адреса вы должны представлять налоговую отчетность и уплачивать налоги по новому месту налогового учета.
Из вашего вопроса неясно, подали ли вы декларацию в инспекцию по старому месту учета. Если подали, то ее либо не должны были принимать, либо, если все-таки приняли, должны были переслать в налоговый орган по новому месту вашего учета.
В отношении уплаченной вами суммы налога на добавленную стоимость необходимо отметить следующее.
Согласно п. 1 ст. 30 НК РФ налоговые органы составляют единую централизованную систему контроля за соблюдением законодательства о налогах и сборах, за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью уплаты (перечисления) в бюджетную систему Российской Федерации налогов и сборов, а в случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации, за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью уплаты (перечисления) в бюджетную систему Российской Федерации иных обязательных платежей. В указанную систему входят федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный по контролю и надзору в области налогов и сборов, и его территориальные органы.
В соответствии с подп. 1 п. 3 ст. 45 НК РФ обязанность по уплате налога считается исполненной налогоплательщиком с момента предъявления в банк поручения на перечисление в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства денежных средств со счета налогоплательщика в банке при наличии на нем достаточного денежного остатка на день платежа.
Пеней признается установленная ст. 75 НК РФ денежная сумма, которую налогоплательщик должен выплатить в случае уплаты причитающихся сумм налогов или сборов в более поздние по сравнению с установленными законодательством о налогах и сборах сроки.
Так как обязанность по уплате налога вами исполнена, начисление пеней в данном случае является неправомерным.