При пропуске срока подачи заявления о возврате (зачёте) из бюджета сумм излишне уплаченного налога организация не вправе обратиться с иском о возврате (зачёте) в суд.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 01.06.2009 № 03-02-07/1-281. В обоснование своей позиции финансовое ведомство ссылается на п. 7 ст. 78 НК РФ, Определение Конституционного Суда РФ от 21.06.2001 № 173-О, а также п. 22 Постановления Пленума ВАС РФ от 28.02.2001 № 5.