Порядок применения НДС в отношении услуг по передаче прав на использование результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионных договоров, заключенных до 01.01.2008, зависит от момента фактического оказания таких услуг.
Если передача исключительных прав на программы для ЭВМ по лицензионному договору, заключенному до 01.01.2008 осуществлена после 01.01.2008, такая операция освобождается от налогообложения НДС. При этом суммы НДС, уплаченные налоговыми агентами в 2007 г. по указанным услугам, оказанным после 01.01.2008, подлежат зачету (возврату) в порядке, предусмотренном ст. 78 НК РФ.
К такому выводу пришел Минфин в своем Письме от 15.08.2008 № 03-07-07/78.