Если организация не осуществляет иных видов предпринимательской деятельности, кроме деятельности, в отношении которой она признается плательщиком ЕНВД, то стоимость излишков товарно-материальных ценностей, выявленных в результате инвентаризации, относится к доходам от предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению ЕНВД.
То есть с сумм выявленных при инвентаризации излишков налог на прибыль не уплачивается.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина от 23.10.2008 № 03-11-04/3/471.