Подпунктами 4 и 5 ст. 331 Таможенного кодекса РФ установлено, что таможенные пошлины, налоги могут быть уплачены в любой форме в соответствии с законодательством РФ. При этом по требованию плательщика таможенные органы обязаны выдать подтверждение уплаты таможенных пошлин, налогов в письменной форме.
Учитывая изложенное, при уплате НДС по товарам, ввозимым на таможенную территорию РФ, документом, подтверждающим фактическую уплату налога в целях принятия его к вычету налогоплательщиком, является соответствующее подтверждение, выданное таможенным органом в установленном порядке.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина от 06.11.2008 № 03-07-08/249.