В соответствии с п. 6 ст. 171 НК РФ суммы НДС, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями при проведении ими капитального строительства, подлежат вычетам в общеустановленном порядке.
Таким образом, суммы НДС, предъявленные подрядной организацией, принимаются к вычету у налогоплательщика-инвестора по счетам-фактурам заказчика, оформленным на основании счетов-фактур подрядчика по выполненным работам, при условии принятия данных работ к учету, в том числе на счете 08 «Вложения во внеоборотные активы».
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина РФ от 21.11.2008 № 03-07-10/11.