Одним из обязательных условий применения вычетов НДС по работам, выполненным подрядными организациями, является принятие налогоплательщиком этих работ на учёт.
При осуществлении строительства здания по договору строительного подряда, в котором этапы работ не выделялись, акты по форме № КС-2 «Акт о приёмке выполненных работ» подтверждают лишь выполнение промежуточных работ для проведения расчётов и не являются принятием результата работ заказчиком.
Поэтому на основании такого акта принять НДС к вычету нельзя. Вычет НДС в этом случае будет возможен только после принятия заказчиком результата работ в полном объёме, определённом в договоре.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 05.03.2009 № 03-07-11/52.