Заявление нужно подать в электронном виде в формате XML не позднее двух месяцев со дня представления налоговой декларации. Оно автоматически проверяется и отражается в системе АИС «Налог-3». Участники налогового мониторинга могут неоднократно представлять заявление в пределах указанной к возмещению суммы налога. В отличие от общего правила (ст.176 НК РФ), в рамках налогового мониторинга правомерность возмещения налога проверяется без камеральной проверки. Если заявленное возмещение необоснованно, налоговый орган уведомит организацию о наличии оснований для составления мотивированного мнения.
Участники налогового мониторинга также освобождаются от представления банковской гарантии и договора поручительства. Кроме того, для них предусмотрено начисление процентов в размере однократной ставки рефинансирования ЦБ РФ на сумму подлежащих возврату сумм налога. Новый заявительный порядок возмещения уже реализован в отношении налоговых деклараций по акцизам за июль и август 2021 года.