Организации, применяющие упрощенную систему, не являются плательщиками НДС. В связи с этим они не обязаны составлять счета-фактуры, вести книгу покупок, книгу продаж и представлять налоговую декларацию. Поэтому при реализации товаров указанными организациями счета-фактуры покупателям не выставляются и расчеты с ними осуществляются без выделения в первичных учетных документах сумм НДС.
Если продавец, применяющий упрощенную систему, выставил покупателю счет-фактуру с выделением суммы НДС, то он обязан исчислить и уплатить в бюджет сумму НДС, которая определяется как сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг). Об этом говорится в п. 5 ст. 173 НК РФ.
С 1 января 2016 г. вступил в силу Федеральный закон от 06.04.2015 № 84-ФЗ «О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации». Этим законом из состава доходов, учитываемых при исчислении налога, уплачиваемого в связи с применением УСН, суммы НДС, уплаченные налогоплательщиками — покупателями товаров, работ и услуг в связи с выставлением счетов-фактур, исключаются.
(Письмо Минфина России от 25.12.2015 № 03-11-11/76394)