Если налогоплательщик в ходе проведения камеральной налоговой проверки представил в налоговый орган уточненную налоговую декларацию до момента обнаружения налоговым органом факта неотражения или неполноты отражения сведений в первичной налоговой декларации, камеральная налоговая проверка первичной налоговой декларации прекращается, и начинается камеральная проверка уточненной налоговой декларации.
В случае если уточненная налоговая декларация представлена в налоговый орган в ходе камеральной налоговой проверки первичной налоговой декларации в момент или после обнаружения налоговым органом нарушений законодательства о налогах и сборах, налоговый орган должен завершить такую проверку и принять по ее результатам решение в соответствии со ст. 101 НК РФ. После этого налоговый орган приступает к проведению камеральной налоговой проверки представленной уточненной налоговой декларации.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина РФ от 13.02.2008 № 03-02-07/1-61.