Налоговым кодексом установлен запрет на применение УСН организациями, в которых доля участия других организаций составляет более 25%. При этом данное ограничение не распространяется на некоммерческие организации (подп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ). Некоммерческое партнерство относится к некоммерческим организациям (ст. 8 Федерального закона от 12.06.96 № 7-ФЗ «О некоммерческих организациях»).
Следовательно, некоммерческое партнерство вправе применять УСН, даже если доля участия других организаций в нем составляет более 25 %.