Организация, применяющая упрощенную систему налогообложения, не является плательщиком НДС и, соответственно, не должна выставлять покупателям счета-фактуры с выделенным налогом. Если же такой счет-фактура все же будет выставлен, НДС придется уплатить в бюджет (это предусмотрено п. 5 ст. 173 НК РФ). При этом право на вычет «входного» НДС организация не получит.
Об этом сообщил Минфин России в Письме от 23.03.2007 № 03-07-11/68.