Из смысла ст. 104 ТК РФ следует, что основной целью суммированного учета рабочего времени является соблюдение установленной законом продолжительности рабочего времени за учетный период, когда это невозможно осуществить ежедневно или еженедельно по условиям производства (работ).
Иными словами, использование суммированного учета рабочего времени основано на том, что установленная законодательством продолжительность рабочей недели обеспечивается соответствующим графиком в среднем за учетный период. Установленная на данный период графиком ежедневная и еженедельная продолжительность рабочего времени может в определенной степени отклоняться от установленной нормы рабочих часов.
При этом появляющаяся переработка либо недоработка должна быть скорректирована в установленный учетный период. То есть переработка в отдельные дни учетного периода должна компенсироваться недоработкой или полным отдыхом в другие дни. В результате общее количество рабочих часов по графику должно равняться количеству рабочих часов согласно установленной норме за этот период.
Из текста вашего вопроса следует, что работник на день увольнения не успел отработать весь период, который был установлен для учета рабочего времени. Неудивительно, что в такой ситуации на дату увольнения у него появились сверхурочные часы. Ведь продолжительность учетного периода была вынужденно сокращена таким событием, как расторжение трудового договора. По этой причине так называемый "баланс переработки и недоработки" был нарушен. Данный работник просто не успел компенсировать сверхурочную работу в последующий этап учетного периода. Если бы это произошло, то такие сверхурочные часы не появились бы.
Но раз это произошло, то данные сверхурочные часы при увольнении работника подлежат оплате в установленном порядке. Этого требует ст. 140 ТК РФ, в соответствии с которой при прекращении трудового договора работнику в день увольнения выплачиваются все причитающиеся ему суммы.
Согласно ст. 152 ТК РФ сверхурочная работа оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы - не менее чем в двойном размере. При этом необходимо учесть, что в законе указаны минимальные размеры оплаты сверхурочной работы. То есть коллективным или трудовым договором, а также локальным нормативным актом может быть предусмотрен иной, более высокий размер оплаты сверхурочных работ.
Если часы, которые явились сверхурочными, уже были оплачены работнику в обычном порядке, то ему необходимо доплатить за них согласно требованиям ст. 152 ТК РФ либо исходя из иных условий, если они в этой части изменены на вашем предприятии.