При исчислении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН, транспортно-экспедиционные расходы, а также транспортные расходы, связанные с доставкой товара с таможенного склада на склад покупателю, учитываются в составе материальных расходов, на основании подп. 5 п. 1 ст. 346.16 и подп. 6 п. 1 ст. 254 НК РФ.
При этом материальные расходы принимаются к учёту после их фактической оплаты, то есть в момент погашения задолженности путём списания денежных средств с расчётного счёта налогоплательщика, выплаты из кассы, а при ином способе погашения задолженности - в момент такого погашения (п. 2 ст. 346.17 НК РФ).
Об этом сообщил Минфин России в Письме от 15.04.2010 № 03-11-06/2/59.