В письме от 13.08.2014 N ПА-4-11/15988 ФНС России разъяснила следующее. Если компания в прошлом налоговом периоде излишне удержала НДФЛ с доходов работника, она должна представить налоговикам в отношении него новую справку по форме 2-НДФЛ и заявление о зачете или возврате излишне уплаченного налога.
Вместе с заявлением на возврат излишне удержанного налога компания представляет в налоговый орган выписку из регистра налогового учета за соответствующий налоговый период и документы, подтверждающие излишнее удержание и перечисление суммы налога в бюджетную систему РФ (бухгалтерские справки, пояснения, расчетно-платежные ведомости с исправлением ошибки).
До получения денег из бюджета компания вправе осуществить возврат работнику излишне удержанной у него суммы НДФЛ за счет собственных средств.