Счётная палата РФ считает, что Министерство регионального развития России не обеспечило в 2009-2010 гг. должный контроль за эффективным расходованием средств субсидий на поддержку социально-экономического развития малочисленных народов Севера. Такой вывод сделан по результатам проверок, выявивших финансовые нарушения на общую сумму в 211,2 млн руб. Это примерно десятая часть целевых средств, выделенных из федерального бюджета.
По сообщению аудитора Александра Филипенко на коллегии Счётной палаты, на поддержку экономического и социального развития коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока РФ за два минувших года было израсходовано 2,6 млрд руб. бюджетных средств. На эти деньги построено шесть школ на 1027 ученических мест, семь оленеводческих баз, шесть зданий сельских и районных больниц, туберкулёзный диспансер, фельдшерско-акушерский пункт, два спортивных центра. Тем не менее уровень жизни на территориях компактного проживания малочисленных народов России остаётся ниже среднего качества в соответствующих субъектах Федерации, а показатель безработицы в два раза превышает среднероссийский уровень. Происходит это, по мнению аудитора, во многом из-за того, что в стране отсутствует система показателей качества жизни коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока.
В результате не учитываются интересы национальных меньшинств при реализации масштабных проектов по промышленному освоению новых территорий. В частности, в республиках Алтай и Саха, Красноярском крае и Амурской области. Так, ситуацией в заповедном плато Укок на Алтае, по сообщению бюллетеня «Экология и права человека», заинтересовались в ЮНЕСКО, международной экологической организации «Гринпис» и Всемирном фонде дикой природы (WWF).
Материалы коллегии Счётной палаты направлены в Федеральное Собрание РФ и в Министерство регионального развития страны для принятия соответствующих решений.