По мнению Минфина России, покупатель, получив от продавца счёт-фактуру с изменениями, должен зарегистрировать его в книге покупок. А это значит, что и принять к вычету НДС по приобретённым товарам (работам, услугам) можно только в том налоговом периоде, в котором получен исправленный счёт-фактура, при одновременном соблюдении иных условий, предусмотренных главой 21 НК РФ.
Если же покупатель принял НДС к вычету ранее, то в дополнительном листе книги покупок за период регистрации первоначального счёта-фактуры следует сделать запись об его аннулировании. Покупатель также должен представить в инспекцию корректирующую декларацию по НДС за тот налоговый период, в отношении которого внесены изменения в книгу покупок, в очередной раз указывает Минфин России в Письме от 26.07.2011 № 03-07-11/196. Отметим, что позиция финансового ведомства не бесспорна. Суды нередко приходят к выводу, что применение вычетов по НДС не связано с датой внесения исправлений в счёт-фактуру и, соответственно, корректировка налоговых обязательств за период, когда НДС был правомерно принят к вычету на основании первоначального счёта-фактуры, не требуется. Такая позиция сформирована, например, в постановлениях ФАС Центрального округа от 02.09.2010 № А14-17197/2009605/28, Московского округа от 30.11.2009 № КА-А40/12708-09, от 10.04.2008 № КА-А40/2693-08 и др. С этим подходом согласны и высшие арбитры (постановления Президиума ВАС РФ от 03.06.2008 № 615/08, от 04.03.2008 № 14227/07).