Как видно из вопроса, в данном случае перевозка осуществляется между пунктами, которые расположены на территории РФ. В такой ситуации применяется общая ставка НДС в размере 20%. При этом не имеет значения, что товар импортный и в пункт отправления был доставлен из-за рубежа.
Согласно подп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ нулевая ставка налога на добавленную стоимость применяется в отношении услуг по международной перевозке товаров. Причем данная норма распространяется на транспортно-экспедиционные услуги, оказываемые на основании договора транспортной экспедиции при организации международной перевозки.
При этом под международными перевозками товаров понимаются перевозки товаров морскими, речными судами, судами смешанного (река-море) плавания, воздушными судами, железнодорожным транспортом и автотранспортными средствами, при которых пункт отправления или пункт назначения товаров расположен за пределами территории Российской Федерации.
В отношении транспортно-экспедиционных услуг, оказываемых на основании договора транспортной экспедиции при организации перевозки между пунктами, расположенными на территории РФ, применяется ставка НДС в размере 20% (письмо Минфина России от 10.11.2020 № 03‑07‑08/97862, смотрите также письмо Минфина России от 15.05.2012 № 03‑07‑15/46, доведенное до территориальных налоговых органов письмом ФНС России от 21.06.2012 № ЕД-4-3/10199@).