Организация вправе обжаловать действия (или бездействие) инспекции. Сначала жалоба подается в вышестоящий налоговый орган — через ИФНС, действия или бездействие должностных лиц которой обжалуются. Компания может подать жалобу в течение одного года со дня, когда узнала или должна была узнать о нарушении своих прав. В случае пропуска по уважительной причине срока подачи жалобы срок по ходатайству организации может быть восстановлен вышестоящим налоговым органом (п. 1, 2 ст. 139 НК РФ).
Решение по жалобе принимается налоговым органом в течение 15 рабочих дней со дня ее получения (п. 6 ст. 140 НК РФ). Этот срок может быть продлен руководителем (заместителем руководителя) налогового органа для получения от нижестоящих налоговых органов документов (информации), необходимых для рассмотрения жалобы, но не более чем на 15 дней.
Если вышестоящий налоговый орган не примет решение по жалобе в сроки, установленные п. 6 ст. 140 НК РФ, тогда организация вправе обратиться в суд. Действия или бездействие должностных лиц ФНС России обжалуются только в судебном порядке (п. 2 ст. 138 НК РФ).