По мнению специалистов Минфина России, в случае если организация сумму НДС, которая должна быть предъявлена покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав), уплачивает за счет собственных средств, то такая сумма НДС в целях налогообложения прибыли не учитывается. К такому выводу финансисты пришли в письме от 31.10.2018 № 03-07-11/78170. Аргументируется такая позиция следующим образом.
Согласно п. 1 ст. 248 НК РФ при определении доходов из них исключаются суммы налогов, предъявленные организацией покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав). При этом при расчете налоговой базы по налогу на прибыль не учитываются расходы в виде сумм налогов, предъявленных налогоплательщиком покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав), если иное не предусмотрено Кодексом. Основание — п. 17 ст. 270 НК РФ.
Таким образом, при отгрузке в 2019 г. товаров (работ, услуг) в счет полученной в 2018 г. предоплаты продавец выставляет в адрес покупателя счет-фактуру со ставкой НДС 20%. То есть он предъявляет налог покупателю. Поэтому если сумма НДС, которая должна быть предъявлена покупателю, уплачивается продавцом за счет собственных средств, она в целях налогообложения прибыли не учитывается. НДС, уплаченный за счет собственных средств, можно учесть в расходах только в том случае, если он не предъявляется покупателю (письмо Минфина России от 20.01.2017 № 03-03-06/1/3257).