Перейти с основной системы налогообложения на УСН налогоплательщик может только с начала нового календарного года (ст. 346.13 НК РФ).
Порядок отражения НДС по полученным авансовым платежам при переходе с основной системы налогообложения на УСН изложен в п. 5 ст. 346.25 НК РФ (письмо Минфина России от 18.04.2011 № 03-07-11/97).
В соответствии с ним такой НДС организация принимает к вычету в декабре года, предшествующего переходу на УСН. Но принять к вычету этот НДС она может только при наличии документов, подтверждающих возврат сумм авансового НДС покупателям.
Таким образом, алгоритм действий будет следующий.
Прежде чем возвращать НДС, с покупателем нужно согласовать изменение условий договора в части его цены (убрать из нее НДС). Если этого не сделать, в договоре останется цена с НДС. Соответственно при отгрузке товара (выполнении работ, оказании услуг) уже в периоде применения УСН, нужно будет выписать счет-фактуру и уплатить НДС в бюджет (п. 5 ст. 173 НК РФ, письмо Минфина России от 01.04.2008 № 03-11-05/78). То есть в этом случае НДС придется заплатить дважды: сначала при получении аванса, а затем при отгрузке в счет этого аванса. При этом принять уплаченный при получении аванса НДС к вычету не удастся, поскольку организации, применяющие УСН, плательщиками НДС не являются (п. 2 ст. 346.11 НК РФ).
После внесения изменений в договор нужно вернуть авансовый НДС покупателям. В платежном поручении необходимо указать, что НДС, полученный в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), по договору возвращается покупателю в связи с переходом на УСН. Такая платежка с отметкой банка будет являться документом, подтверждающим возврат НДС покупателю.
После этого НДС можно принять к вычету.
В бухгалтерском учете это отражается следующими проводками за декабрь:
Дебет 62 Кредит 51
— авансовый НДС возвращен покупателю;
Дебет 68 Кредит 76
— авансовый НДС, возвращенный покупателю, принят к вычету.
В книге покупок за декабрь нужно зарегистрировать авансовые счета-фактуры, НДС по которым возвращен покупателям (п. 13 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 № 914).